Ricerca e università

Nasce ARGOT: l’ “investigatore” del DNA che aiuta gli scienziati a risparmiare tempo e denaro

Un nuovo metodo per l’annotazione funzionale di genomi, chiamato Argot, è stato sviluppato da un gruppo di giovani ricercatori guidato dal dott. Stefano Toppo e composto dai dottori Enrico Lavezzo e Marco Falda, tutti appartenenti al Dipartimento di Medicina Molecolare dell’Università di Padova diretto dal prof. Giorgio Palù. Il programma è stato portato avanti con l’essenziale collaborazione del dott. Paolo Fontana della Fondazione Edmund Mach di San Michele all’Adige ed è risultato tra i migliori, a un passo dal primo posto, nella competizione internazionale CAFA (Critical Assessment of Function Annotations) di predizione di funzione a cui hanno partecipato i più affermati e noti gruppi di ricerca mondiali.

I risultati, pubblicati di recente nella prestigiosa rivista «Nature Methods», sono stati presentati alla conferenza internazionale ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology), tenutasi a Long Beach – Los Angeles nel luglio 2012. Questo importante riconoscimento pone l’Università di Padova ai massimi livelli di competitività internazionale in un’area di ricerca di base che ha importanti ricadute nella comprensione della funzione delle proteine.

«L’affinamento di programmi di predizione di funzione di ultima generazione, come Argot – spiega il dott. Toppo -, consentirà di acquisire una conoscenza sempre più dettagliata dei meccanismi molecolari dei processi biologici ed aiuterà gli scienziati ad indirizzare meglio i propri esperimenti di laboratorio, permettendo loro di sviluppare teorie ed ipotesi più mirate e di abbattere così costi e tempi della ricerca».

Le originali idee del nuovo algoritmo Argot si basano su una complessa infrastruttura bioinformatica che sfrutta dei vocabolari strutturati, chiamati ontologie, in grado di definire in modo dettagliato la funzione dei geni e di essere facilmente utilizzati da parte dei calcolatori. In questo modo è stato possibile sfruttare la potenza dei server attualmente disponibili ed ospitati nella struttura informatica dei laboratori di proteomica di via Orus a Padova, i quali servono anche diverse altre esigenze di analisi di dati che vanno dalla genomica alla spettrometria di massa.

Il servizio di predizione di funzione Argot è liberamente accessibile alla comunità scientifica come servizio web al sito http://www.medcomp.medicina.unipd.it/Argot2/.

 

 

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